cds 关于CDS，你选对了吗？

之前帮哥哥做实验的时候遇到一个问题。我公司买的蛋白A的CDS发现蛋白A过表达后蛋白检测没有效果，但融合标签蛋白很强。之前别人有时会遇到蛋白B的表达，实时qPCR效果明显，WB检测蛋白的表达也明显，但功能实验结果不明显，但明显的敲除明显。除了载体构建中出现移框突变的一些原因和客观的实验结果外，再来说说CDS的选择。

在表达和免疫沉淀实验中，分子克隆小白总是选择信任公司给出的质粒载体，但有时他们给出的CDS并不是真正的CDS。

以人类GAPDH为例，从NCBI官网上看GAPDH，可以看到mRNA有很多不同的数字，蛋白质序列也是如此

从核苷酸可以看出，即使人类GAPDH有限，结果还是会很多，这也是选择CDS的一个问题。一个基因有时对应多个转录本，不同转录本的CDS可能不同

所以，当你直接从一家公司买CDS的时候，你的CDS是其中一个转录本，但可能不是这个蛋白最经典的序列。如何得到最经典的蛋白质序列是很多新手需要注意的问题。

笔者认为，选择CDS的最佳网站是系综和蛋白载体Uniprot。

或者以GAPDH为例，打开系综，进入页面，

点击show tran table，会直观的出现一个基因对应的不同转录本，以及是否翻译该蛋白和该蛋白的氨基酸编号。同时你会发现，GAPDH对应的CCDS号也显示在旁边的CCDS列。你可以看到GAPDH有两张NCBI收录的CDS，几个转录本对应的CDS是一样的。一般来说，选择最长的CDS并没有错，但在紧急情况下，最终确定了需要的CDS，可以确认。CCDS旁边的Uniprot的ID链接。如下:

点击Uniprot链接进入Uniprot界面:

序列，出现:

根据下图的结果，我们可以从图中看到一些信息。由于可变剪切，有两种蛋白质序列，第一种是它的经典序列，有335个氨基酸序列，第二种同工型有293个氨基酸序列，其中与第一种经典序列的区别是删除了第1-42个氨基酸序列。所以从Uniprot的经典序列结果，我们可以确定GAPDH的CDS，然后回到系综网站，点击对应的氨基酸长度为335aa的CCDS ID，就会出现我们需要的CDS序列。有了这个序列，我们会为公司合成，或者用公司现有的载体做对比，以防公司给的载体CDS不是你想要的。