heatmap 干货 | heatmap常用参数应用及案例演示

方案1

pheatmap(data，cluster_cols=FALSE，clustering _ distance _ row = " correlation "，clustering_method="complete "，colorrampalette(c("绿色"，"黑色"，"红色"))(100)，scale="row "，margins=c(5，10)，fontsize_row=8，cellheight=10，cellwidth=30)

Cluster_cols指示是否双向群集，值可以是FALSE或TRUE。

Clustering_distance_row表示测量行之间距离的方法

Clustering_method表示一种聚类方法，它的值可以是任何一种颜色，如“ward.d”、“single”、“complete”、“average”、“mcquity”、“median”、“centrid”、“ward.d2”。颜色表示颜色，分配渐变调色板的colorRampPalette属性，选择“绿、黑、红”渐变，分为100个等级

Sclae表示值集中的方向是根据行或列，或者无，值可以是“行”、“列”或“无”

边距表示边距的大小空白色

Fointsize表示每行的字体大小

单元格高度表示每个单元格的高度

单元格宽度表示每个单元格的宽度

选项2

参数<。-列表(数据，color = col.pal，cellwidth = 15，cellheight = 12，scale = "none "，treeheight_row = 200，kmeans_k = NA，show _ rownames = T，show _ colnames = T，main = "Full heatmap (avg，eucl，unsc)"，clustering_method = "average "，cluster _ rows = TRUE，cluster_cols = TRUE，clustering _ distance _ rows = drows1，clustering _ distance _ cols = dcols 1)

ColOr表示颜色，即赋值前定义的col.pal属性，以及“YlOrBr”颜色，即Yl黄色或橙色和Br蓝色的余数。

单元格宽度表示每个单元格的宽度

单元格高度表示每个单元格的高度

Sclae表示值集中的方向是根据行或列，或者无，值可以是“行”、“列”或“无”

Treeheight_row表示200行的值用于通过聚类构建热图，默认值为50。类似的参数包括treeheight_col指示列

Kmeans_k表示Kmeans簇的数量。如果您想用所有数据绘制热图，请输入NA

Show _ rownames指示显示行的名称

Show _ colnames表示显示列名

主要代表热图图的标题

Clustering_method表示一种聚类方法，它的值可以是任何一种颜色，如“ward.d”、“single”、“complete”、“average”、“mcquity”、“median”、“centrid”、“ward.d2”。

Cluster_rows表示按行进行聚类，该值可以为假或真

Cluster_cols表示按列进行聚类，其值可以为假或真

Clustering_distance_rows表示测量行之间距离的方法，并被分配给前面定义的drows1

Clustering_distance_cols表示列距离测量的方法，其值为之前定义的dcols1do.call ("pheatmap "，hm.parameters)

参数模式hm.parameters用在这里，最后do.call参数运行pheatmap函数文件名

当然，这些只是R语言的基本用法。强大的R语言可以做韦恩图，热度图，线性回归，小提琴图，GWAS相关的曼哈顿图，甚至3D图，地图，circos圆图等等。只有你想不到，但是没有它你做不到。请点击阅读原文。

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