背景知识:
哺乳动物三维(3D)基因组在基因调控中起着重要作用，例如增强子对靶基因有很强的调控作用，拓扑关联域(TADs)是哺乳动物基因组的基本单位。随着hi-c、chia-pet、capture-c、capture hi-c、plac-seq、hichip等染色体构象捕获技术的出现，基因组的研究受到越来越多的关注空。因此，大量的染色体相互作用数据不断增加，如何高效快速地查询所需信息成为亟待解决的问题。为了解决这个问题，已经开发了大量的搜索引擎，每个搜索引擎都有自己的优缺点。
Hi-C数据浏览器:第一个将Hi-C数据可视化为热图的web查询工具。目前不支持缩放功能，只支持有限的数据集。
WashU表观基因组浏览器可以显示Hi-C和ChIA-PET数据，并可以在编码和路线图表观基因组项目中使用数千个表观基因组数据集。由于Hi-C数据占用的存储空间空较大，可以达到数百字节，所以上传和搜索Hi-C数据的速度并不理想。此外，它没有提供将染色体之间的相互作用数据显示为热图的选项。
Juicebox和Hi-Glass:，用户可以以非常快的速度浏览Hi-C数据，但不提供其他类型的染色体交互数据，如Capture Hi-C和ChIA-PET。
以上浏览器都不能很好的提供浏览增强子和启动子交互的方式。
3D基因组浏览器兼容了上述浏览器的优点，克服了它们的缺点，有六种不同的模式。用户可以根据自己的需要查询和探索染色质交互群数据。
3D浏览器的组件如下图所示，其中包含300多个不同的染色质相互作用数据库。
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