有些细菌，特别是G+芽孢杆菌，生长到一定阶段，在细胞内形成一种圆形或椭圆形的特殊结构，具有强烈的折光性，称为孢子，也称内生孢子。
孢子对不利的环境条件有特殊的抵抗力。能否形成孢子是细菌物种的特征。产生芽孢的芽孢杆菌有需氧芽孢杆菌和厌氧梭菌。
细菌孢子有不同的类型，孢子的位置、形状和大小因菌株而异，因此孢子具有分类学意义。
如枯草芽孢杆菌、炭疽芽孢杆菌、蜡样芽孢杆菌的孢子位于菌体中心，椭圆形，比菌体小；
丁酸梭菌的孢子位于菌体中心，呈椭圆形，直径比菌体大，所以呈纺锤形，小端大中间；破伤风梭菌的孢子位于菌体的一端，呈圆形，呈鼓槌状，直径大于菌体。
孢子的特点是耐热性强。比如枯草芽孢杆菌的孢子在沸水中可以存活1小时，而肉毒梭菌的孢子即使在180℃的干热条件下仍然可以存活10分钟，给医疗保健、发酵工业、食品工业带来了严重的危害。
孢子耐热性的主要原因可能与以下因素有关:
1.孢子含水量低，蛋白质受热不易变性；
2.孢子壳致密厚，渗透性低，可防止化学物质的渗透；
3.孢子形成过程中合成了一些耐热性比繁殖体强的酶。
4.孢子皮含有2，6-二吡啶甲酸盐，可增强其耐热性。
孢子多在细菌对数生长期末期形成，与营养消耗、代谢产物积累等环境因素有关，但能否形成孢子是由细菌基因组决定的。孢子含有细菌的酶、核质等成分，因此能保持细菌生命活动的延续。
细菌孢子形成时，细菌染色体的构型先发生变化，两条染色体凝聚成束，通过中介物与细胞膜相连，细胞质膜内陷，穿过中介物延伸形成双层膜，形成孢子的横向分隔壁，包围细胞核和一部分细胞质，形成细胞的不对称分裂，从而形成一小部分前孔；
前孔合成DPA，积累钙离子，钙离子积累到皮层，被外膜包围；然后在外膜外形成孢子壳和孢子外壁。
值得注意的是，细菌的营养细胞只能形成一个孢子，而细菌孢子只能萌发成一个细菌营养体。因此，孢子不同于细菌的繁殖体，一般认为是细菌的休眠体。
孢子和孢子的区别在于孢子是休眠的，孢子是繁殖体。
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