其实早在当年正月，刘裕就留其子彭城公刘义隆镇守彭城，自己亲率水军从彭城出发北上。三月，当王镇恶等人和后秦军激战之时，刘裕率领的水军也已经从淮河、泗水入清河，准备逆黄河西上。刘裕赶赴前线似乎指日可待，可这时一个现实问题摆在了刘裕面前，通过黄河行军，势必要经过北魏的地盘，不经北魏同意强行通过势必会引发矛盾，从而影响行军速度，为避免出现这种情况，刘裕派人向北魏请求借路通过。
就在刘裕请求北魏借道的同时，后秦姚泓也派人向北魏求援，一道麻烦的选择题摆在了拓跋嗣面前，拓跋嗣于是召集群臣商议。北魏绝大部分大臣认为，潼关是天险，重兵攻打都不一能攻克，刘裕又只带水军前去，更是难上加难，潼关难以被攻克。但如果刘裕改从黄河北岸登陆并北上，那就会变得容易得多。但这样一来刘裕名义上声称讨伐后秦，其真实目的就难以预测。至于后秦的求援，大臣们认为北魏和后秦有姻亲关系，姚兴的女儿是拓跋嗣的宠妃，不出兵协助也说不过去。所以他们认为应切断黄河上游，阻止刘裕大军西上。
这时却有一个人站出来表示反对，他就是当时担任博士祭酒的崔浩。崔浩认为，刘裕想要吞并后秦不是一朝一夕的事了，早在灭亡南燕的时候，刘裕就想趁势攻打后秦，只不过因为卢循作乱才不得不放弃。现在姚兴死了，姚泓愚劣懦弱，后秦国内又灾祸不断。刘裕就是瞅准这一时机才兴兵讨伐后秦的，对于这次灭亡后秦，刘裕志在必得。如果切断黄河上游阻挡刘裕大军前进，刘裕一怒之下就必然会登陆转而进攻北魏，这就等于北魏代替后秦挨打。而且当时北魏国内也面临缺粮问题，北方柔然又蠢蠢欲动，如果北魏和刘裕开战，柔然肯定会趁虚而入，到时两头不能兼顾。分析好形势后，崔浩提出，干脆借路给刘裕让其西行，然后再出兵驻防东部，阻塞他的退路。如果刘裕得胜告捷，一定会因此感激北魏；如果刘裕灭后秦失败，北魏再趁机出兵，也可以有援救秦国的美名。崔浩更是认为刘裕不会也不可能仅凭手中的水军就在黄河以北的平原和北魏骑兵展开对决。
尽管崔浩的分析和建议都十分合理，但北魏朝中大臣还是强烈反对崔浩。他们始终认为刘裕不可能向西进入潼关，因为北魏一旦出兵就会使刘裕腹背受敌，刘裕行军打仗这么多年不可能不知道这一点。相反如果放任刘裕实际进攻北魏，后秦那边肯定不会从潼关出兵救援，到时北魏就危险了。所以在他们看来，刘裕所谓借路向西，但真实目的一定是北上。双方争论不休，最终还是需要拓跋嗣做出决断，因为有之前王仲德借开通水路趁机占领滑台的事件，朝政绝大部大臣又支持出兵，拓跋嗣也认定刘裕此次也是不怀好意。于是他拒绝了崔浩的策略，派遣司徒长孙嵩为督山东诸军事，又遣振威将军娥清、冀州刺史阿薄干，率步骑十万屯驻黄河北岸，监视刘裕军，阻止其上岸。
尽管向北魏借路失败，但刘裕却没太在意，仍按原计划行军。庚辰日，刘裕率水军进入黄河，为防备北魏偷袭，刘裕任命左将军向弥为北青州刺史，镇守碻磝，随后亲自率大军入黄河西上。就在此时，王镇恶派出向刘裕求援的使者到了。面对来使，刘裕也深知王镇恶等人此时处境艰难，稍有不慎就有覆灭的可能，但刘裕此时也需要面对北魏的威胁，如果分兵去救可能自己也会有危险，王镇恶那边也得不到救援，于是刘裕把王镇恶派来的使者叫到身边，把船朝北的舷窗打开来，指著岸上的北魏军对使者说：“我语令勿进，今轻佻深入。岸上如此，何由得遣军！”在指责王镇恶等人不按计划贸然行动的同时，明确告知他们没法去救援。没有刘裕的支援，王镇恶等人处境无疑是危险的，好在他们通过自己想办法暂时度过了危机。
刘裕当然不想坐视王镇恶等人陷入危机，但此时他自己眼前的麻烦也不小。黄河北岸的北魏军看到刘裕开始在黄河逆流而上，便派出数千骑兵随刘裕水军西行，并不时袭扰，迟滞刘裕大军西进。更为严重的是当刘裕军中军士因风大浪急，不小心被冲到黄河北岸之时，都会遭到北魏的诛杀和劫掠。可当刘裕派军反击之时，只要晋军一上岸北魏军就立即撤退，可当晋军一走，北魏军就重新返回岸边。如此反复，即使得晋军被不断袭扰，更是严重影响了刘裕大军的前进速度。时间久了，刘裕大军军心士气势必会被影响，于是刘裕决定好好教训一下北魏军。
四月，经过反复筛选，刘裕终于选择好战场。随后便派白直队主丁旿率七百人和战车百乘，抢渡北岸，北魏军见状以为和之前一样又是刘裕派人来反击的，于是又撤退了。可不同于之前，这次晋军在距水百余步处布下弧形的阵，两头抱河，因形似新月，故称“却月阵”，每辆战车上又设置七名持仗士卒。阵型布置好后，按照事先约定丁旿在阵中坚起一根白毦，用来通知船上的刘裕。对于晋军这种操作，北魏军看傻了，就这几百人也不进攻却在那里故弄玄虚，不明就里的北魏军只能先观望不敢冒然采取行动。刘裕等的就是北魏军的迟疑，之前他早已派朱超石严加戒备，准备出战，这时见魏军迟疑，便抓住这一机会，命朱超石率两千兵士携带大弩百张，上岸接应丁旿，每辆战车又上增设二十名士卒，并在车辕上张设盾牌，保护战车。
