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接下来以AQP1蛋白序列为例,看看如何用它来分析蛋白的疏水性。您只需要提供UniProt的登录号或者序列号,就可以直接点击页面上的链接查询Uniport数据库,如下图所示。关于Uniprot的用法,可以参考文章《听说画漂亮的进化树需要了解这两个数据库》。当然也可以直接把蛋白质序列粘贴到序列框中。
参数设置
氨基酸刻度选择默认的hphob。/kyte &: Doolittle,滑动窗口大小为9,线性加权模型,如下图所示。
ProtScale可以计算和显示所选蛋白质的50多个氨基酸尺度的图谱,氨基酸尺度是分配给每个氨基酸的值,如分子量、密码子数量、蓬松度等。最常用的尺度是疏水尺度,主要来源于非极性和极性溶剂中多肽分布的实验数据。
如果对所选的刻度感兴趣,可以点击刻度名称进入详细页面,查看具体氨基酸的刻度值和参考值,如下图所示,其中正氨基酸更疏水,较小的负氨基酸更亲水。
点击提交按钮后,会给出蛋白质的结构注释信息,点击蓝色数字即可选择分析区域,如下图所示。
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